Что значит вероятно патогенный результат генетика

СОДЕРЖАНИЕ

История

220px Sickle cell smear 2015 09 10

Классификация

220px Cost per Genome

По состоянию на 2020 г. участие федеральных агентств в регулировании клинической валидности (точности) и полезности (рисков и преимуществ) генетического тестирования по-прежнему ограничено. Интерпретация и классификация вариантов особенно субъективны, поскольку лаборатории разработали свои собственные критерии до появления рекомендаций ACMG-AMP. Эта субъективность еще более проблематична, когда есть свидетельства того, что значимость вариантов со временем меняется. Из-за непоследовательности официальных руководящих принципов сообщество специалистов по геномике вынуждено бороться за эффективную категоризацию генетических вариантов.

Патогенный

Эта категория предназначена для вариантов, которые, как известно, вызывают заболевание.

Вероятно патогенный

Эта категория предназначена для вариантов, в которых есть убедительные, но не окончательные доказательства, вызывающие заболевание.

Неопределенное значение

Эта категория предназначена для вариантов с неизвестным или противоречивым клиническим значением. Дополнительные доказательства необходимы, чтобы определить, является ли вариант причиной определенного заболевания.

Вероятно, доброкачественный

Эта категория предназначена для вариантов, которые не являются причиной заболевания.

Доброкачественный

Эта категория предназначена для вариантов, которые не являются причиной заболевания. Доброкачественные варианты обычно наблюдаются раньше с более высокой частотой, и анализ in silico предсказывает доброкачественный эффект на кодируемый белок.

Ограничения классификаций

Примером варианта межгенного энхансера является тот, который связан со светлым цветом волос у северных европейцев. Вариант в энхансере гена KITLG вызывает изменение экспрессии гена только на 20%, но вызывает осветление волос.

Приложения

Количество отчетов VUS не позволяет перечислить все такие отчеты. Чтобы дать представление о некоторых приложениях в одной области, возможно, наиболее интересно сосредоточить внимание на раке груди. Помните, что это лишь часть доступной во всем мире информации об отчетах VUS, связанных с раком груди, и, как всегда, ваши результаты могут отличаться.

В исследовании, проведенном в США в 2009 году с участием более 200 женщин, получивших отчеты BRCA VUS и опрошенных в течение одного года после этого, в течение года сохранялось беспокойство по поводу результата.

Исследование результатов лечения пациентов в Нидерландах в 2012 году показало, что после генетического консультирования по поводу BRCA VUS пациенты воспринимали себя как подверженные риску рака, отличные от того, что им объяснили генетические консультанты, и что это заблуждение повлияло на решения о радикальных медицинских процедурах.

В исследовании 2015 года в Великобритании, где BRCA VUS встречаются в 10-20% тестов, 39% специалистов по раку груди, принимавших участие в исследовании, не знали, как объяснить отчет VUS пациенту без семейного анамнеза, а 71 % не были уверены в клиническом значении отчетов об испытаниях.

Источник

Полное секвенирование экзома в г. Краснодар

Полное секвенирование экзома — это комплексное генетическое тестирование, в котором используется технология секвенирования нового поколения (NGS) для анализа кодирующих областей генома

20 000 генов. Данные кодирующие области называются «экзонами», а все экзоны вместе называются «экзомом». Поскольку при полном секвенировании экзома исследуется большое количество генов, данный метод позволяет обнаружить причину заболевания в тех случаях, когда другие исследования не дали результата.

Зачем делать полное секвенирование экзома

Данный вид исследования помогает установить диагноз и спрогнозировать дальнейшее течение болезни и определить риски возникновения осложнений или их отсутствие.

Правильное определение мутаций и понимание диагноза дает возможность пациенту совместно с врачом генетиком выработать стратегию действий направленную на предупреждение осложнений. По результатам исследования врач может определить риски возникновения генетических заболеваний у будущих детей.

А также совместно с пациентом скорректировать планирование беременности с помощью ЭКО и подобрать ряд диагностических исследований: ПГТ-М, НИПТ и тд

Точность генетического анализа

Полное секвенирование экзома позволяет выявить определенные мутации в генах, которые были унаследованы от родителей либо появились спонтанно.

dr etapi ekzom w600 h347

Анализ проводится по венозной крови пациента. С помощью метода секвенирования NGS на полногеномном секвенаторе MGISEQ-2000 (BGI inc.) точность прочтения каждого фрагмента ДНК для >85% прочтений достигает 99,98%. Средняя глубина покрытия ≥100 x, это значит, что каждая буква в геноме была прочитана минимум 100 раз.

Показания для полного секвенирования экзома

Как тест первой линии, это исследование может быть назначено:

Можно ли сдать этот анализ здоровому человеку?

Да, можно. Даже если у человека нет никаких признаков заболеваний и осложнений, он может сделать такой анализ ДНК. Результаты исследования дадут пациенту понимание где и в каких генах есть мутации.

Такой скрининг на носительство мутаций подойдет для людей, которые планирую беременность.

Вторичные находки

Во время анализа секвенирования могут быть обнаружены некоторые варианты, которые не связаны с текущими симптомами пациента (вторичные находки). Тем не менее, эта информация может иметь важные последствия для здоровья пациента и членов их семей.

Вторичные находки могут быть включены в отчет пациента. Наше секвенирование экзома включает все гены, перечисленные в списке генов ACMG (Американский колледж медицинской генетики и геномики). Мы учитываем последние рекомендации по генетическому тестированию, чтобы улучшить качество наших заключений. Список генов ACMG (скачать)

Как сдать анализ на полное секвенирование экзома

После получения заключения обязательно покажите его врачу-генетику. Мы не экономим на здоровье наших пациентов! Поэтому срок исполнения анализа 45 дней. Мы не увеличиваем срок анализа, чтобы “накопить образцы” и удешевить анализ. Поэтому сроки в лаборатории Медикал Геномикс строго регламентированы.

В команде Медикал Геномикс работают врачи-генетики, имеющие ученые степени в биологии и медицине, которые постоянно повышают квалификацию, публикуют научные статьи в цитируемых журналах и являются членами РАРЧ, РОМГ, ESHRE.

Команда биоинформатиков анализирует данные секвенирования экзома с 2010 года и имеет огромный опыт в биоинформатической обработке данных.

Результат теста ДНК полного секвенирование экзома

Данный анализ выявляет:

Источник

Что значит вероятно патогенный результат генетика

Московский НИИ педиатрии и детской хирургии

Отдел психоневрологии и эпилептологии Научно-исследовательского клинического института педиатрии им. Ю.Е. Вельтищева ФГБУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.Н. Пирогова» Минздрава России, Москва, Россия

Трудности в диагностике, прогнозе и лечении генетических эпилептических энцефалопатий: взгляд невролога

Журнал: Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. Спецвыпуски. 2019;119(11-2): 34-40

Белоусова Е. Д., Шарков А. А. Трудности в диагностике, прогнозе и лечении генетических эпилептических энцефалопатий: взгляд невролога. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. Спецвыпуски. 2019;119(11-2):34-40.
Belousova E D, Sharkov A A. Difficulties in the diagnosis, prognosis and treatment of genetic epileptic encephalopathies: the view of a neurologist. Zhurnal Nevrologii i Psikhiatrii imeni S.S. Korsakova. 2019;119(11-2):34-40.
https://doi.org/10.17116/jnevro201911911234

Московский НИИ педиатрии и детской хирургии

57ecc81ee1c9d90fc22b20373d4d0dff

Генетические эпилептические энцефалопатии составляют довольно широкий спектр эпилепсий детского возраста с дебютом приступа в первые 1,5—2 года жизни, регрессом или задержкой психомоторного и речевого развития и «массивной» эпилептиформной активностью на электроэнцефалограмме. В обзоре рассматриваются проблемы выбора оптимального метода генетического обследования, трактовки полученных результатов, формулировки диагноза, определения прогноза течения заболевания и таргетной терапии. Подчеркивается, что трактовка генетических вариантов заболевания — задача, требующая тесного взаимодействия молекулярного и клинического генетика, биоинформатика и невролога. Возможности таргетной терапии генетических эпилептических энцефалопатий пока ограничены, однако знание генетической причины эпилепсии позволяет сделать более осознанный выбор в подборе лечения.

Московский НИИ педиатрии и детской хирургии

Отдел психоневрологии и эпилептологии Научно-исследовательского клинического института педиатрии им. Ю.Е. Вельтищева ФГБУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.Н. Пирогова» Минздрава России, Москва, Россия

Разработка и внедрение методов секвенирования нового поколения вызвали всплеск описания новых генных мутаций, ответственных за развитие эпилепсии. Эти описания касаются преимущественно тяжело текущих эпилепсий раннего детского возраста — эпилептических энцефалопатий.

Согласно последней Классификации эпилепсий и эпилептических синдромов (2017), эпилептическая энцефалопатия — это «состояние, при котором эпилептиформная активность по данным электроэнцефалографии (ЭЭГ) вносит свой вклад в когнитивные и поведенческие нарушения. При этом глобальный или избирательный дефекты могут нарастать со временем». К общим чертам эпилептических энцефалопатий относятся раннее начало эпилепсии, высокая частота эпилептических приступов, распространенная межприступная активность при ЭЭГ (часто ее характеризуют как «массивную» или «агрессивную»), регресс (реже задержка) психоречевого и двигательного развития и фармакорезистентность. Значительная часть эпилептических энцефалопатий имеет генетическую природу [1]. При этом не все генетические эпилептические энцефалопатии укладываются в клинико-энцефалографические критерии классических эпилептических синдромов (синдромы Веста, Драве, злокачественная эпилепсия детства с мигрирующими парциальными судорогами и др.). Однако, как правило, все они имеют вышеупомянутые общие симптомы. В силу раннего дебюта эпилепсии (в первые 1,5 года жизни) эта группа заболеваний получила название «ранние эпилептические энцефалопатии».

Большинство рассматриваемых заболеваний имеет аутосомно-доминантный тип наследования (хотя встречается и Х-сцепленный, и аутосомно-рецессивный), большинство мутаций — спорадические (de novo) [3]. Точное знание этиологии эпилептической энцефалопатии позволит определить прогноз течения болезни, планировать дальнейшее деторождение, избавить пациента от дополнительных дорогостоящих диагностических исследований, объяснить тяжесть течения болезни и отсутствие эффекта от лечения, а в некоторых случаях — назначить специфическую терапию [4].

Увеличивается число исследователей, участвующих в анализе и интерпретации полученных генетических данных. В этом процессе по тем или иным причинам принимают участие не только специалисты, занимающиеся молекулярной и клинической генетикой, но и неврологи. При этом постоянно нарастающий объем знаний в области генетических эпилептических энцефалопатий, огромное количество публикаций по этой теме вызывают значительные сложности у неврологов и эпилептологов. Первоначальный энтузиазм, вызванный революционными достижениями генетики в области эпилептологии, часто сменяется растерянностью и разочарованием.

Цель настоящей статьи — рассмотреть проблемы генетического обследования больных, определения диагноза и подходов к терапии при генетических эпилептических энцефалопатиях.

Выбор оптимального метода обследования

Большинство авторов рассматривают генетические методы исследования как второй этап диагностики эпилептических энцефалопатий.

При первом этапе проводятся МРТ головного мозга, определение спектра аминокислот крови и органических кислот мочи, профиля ацилкарнитина, общего и свободного карнитина, а также другие биохимические тесты [5]. Тем не менее эти методы исследования демонстрируют довольно низкую информативность, не превышающую 2—5% [6]. Не отвергая их роль в диагностике генетических эпилептических энцефалопатий, хотелось бы подчеркнуть необходимость более раннего перехода ко второму этапу обследования — молекулярно-генетическому, который обладает большей информативностью. Выбор конкретного метода диагностики определяется в каждом клиническом случае индивидуально. Периодически предложенные алгоритмы выбора метода исследования пересматриваются в связи с совершенствованием и удешевлением уже существующих методов или появлением новых технологических возможностей.

Учитывая схожесть фенотипов ранних эпилептических энцефалопатий и их большое число, таргетные методы диагностики в настоящий момент имеют ограниченное применение. Конечно, некоторые заболевания с эпилептической энцефалопатией вполне успешно выявляются клинически. Примерами являются туберозный склероз (мутации в генах TSC1 и TSC2) и синдром Ретта (мутации в гене MECP2). Исследование отдельных генов также показано для определения тринуклеотидных повторов (ген DRPLA, вызывающий одно из редких заболеваний группы прогрессирующих миоклонус-эпилепсий) и оценки метилирования при синдроме Ангельмана. Однако даже в случае хорошо очерченного клинически синдрома Ретта мало ограничиться только таргетным методом, поскольку существуют мутации в других генах, дающие сходную клиническую симптоматику — CDKL-5, FOXG1, GRIN2B [3]. Генетическая гетерогенность затрудняет применение метода Сэнгера и при синдроме Драве, поскольку около 80% случаев синдрома Драве обусловлено мутациями в гене SCN1A. При этом Драве-подобные фенотипы встречаются при мутациях как в генах натриевых каналов (SCN2A, SCN9A, SCN8A, SCN1B), так и в других генах (STXBP1, CHD2, PCDH19, GABRG2, GABRA1, KCNA2, HCN1) [7]. В связи с этим исследование только одного гена SCN1A не представляется целесообразным.

Диагностические эпилептические панели

Диагностические эпилептические панели имеют определенные преимущества по сравнению с таргетным исследованием. Часто по стоимости они приближаются к таргетным методам, хотя имеют больший охват генов. Их информативность зависит от количества генов, внесенных в панель. В международной практике количество генов в панели колеблется от двух десятков до сотен. В Российской Федерации, как правило, генетические лаборатории пользуются панелями, насчитывающими большое число генов. Достаточно упомянуть диагностическую панель, разработанную проф. Е.Л. Дадали и соавт. [8], которая насчитывает более 500 генов, ответственных за развитие эпилепсии, в том числе генов всех ранних эпилептических энцефалопатий. В 2019 г. новый пересмотр панели, с учетом обновленных данных литературных источников и курируемых баз данных, привел к ее расширению до более чем 1000 генов. Такая панель имеет значительно более высокую информативность, чем маленькие панели, и может при правильном отборе пациентов сравниться с информативностью полноэкзомного секвенирования. Поэтому данные по информативности панелей в международной практике варьируют от 15 до 40%, а в некоторых статьях и до 70% [3, 5]. В целом удешевление полноэкзомного секвенирования при тех же сроках получения результата ставит вопрос о целесообразности применения диагностических панелей.

В настоящее время генетические лаборатории активно отдают предпочтение полноэкзомному секвенированию — в мире оно составляет около 70% всех исследований при эпилепсии [9]. Полногеномное секвенирование при менделевских болезнях проводится у 11% пациентов, а таргетное — у 16% [10]. Есть основания утверждать, что и полноэкзомное секвенирование будет в будущем вытеснено полногеномным секвенированием (полноценным генетическим обследованием пациента и его родителей), как наиболее информативным методом. Пока этому препятствует высокая стоимость последнего.

Хромосомный микроматричный анализ

Похожая ситуация существует и с хромосомным микроматричным анализом (ХМА), который по мере своего развития, скорее всего, ограничит применение хорошо известного нам кариотипа. В некоторых странах ХМА относится к первому выбору диагностики эпилептических энцефалопатий, и его назначают до проведения кариотипирования. Однако полное вытеснение кариотипа ХМА не представляется возможным, поскольку при некоторых клинически хорошо очерченных хромосомных синдромах (например, синдром Дауна) микроматричный анализ будет избыточным исследованием. Ранние предположения о невозможности поиска кольцевой хромосомы c помощью ХМА [4] опровергаются в последних сообщениях, где показана важность не столько факта наличия кольцевой хромосомы, сколько протяженности делеции, которая либо захватывает, либо не захватывает клинически значимые гены. К сожалению, информативность ХМА в диагностике эпилептических энцефалопатий явно меньше, чем методов на основе секвенирования нового поколения: вариации числа копий ДНК являются причиной развития эпилептических энцефалопатий в 5% случаев [7].

Кроме выбора наиболее информативного теста к основным сложностям генетической диагностики в первую очередь относится и то, что секвенирование нового поколения (Next-generation sequencing — NGS) является научной методикой, которая не зарегистрирована для использования в медицинских целях. В результате приходится верифицировать данные, полученные методом NGS, с помощью секвенирования по Сэнгеру или ХМА. Пока вышеуказанные методы не зарегистрированы как медицинские технологии, они не могут быть включены в стандарты оказания помощи детям с эпилепсией и, соответственно, не оплачиваются государством. Выходом может служить получение государственных грантов на исследование в соответствующей области или оплата диагностики из средств благотворительных фондов, которые охотно идут на подобные исследования. Также к определенным трудностям можно отнести и длительные сроки ожидания результата исследований, однако в последнее время эта ситуация исправляется за счет появления конкурирующих лабораторий. Нужно тем не менее иметь в виду, что информативность методов генетического обследования может существенно отличаться в разных генетических лабораториях, что обусловлено различиями в техническом оснащении, биоинформатической обработке данных и в первую очередь отбором пациентов для генетического тестирования.

Интерпретация генетических данных

Получение результатов любого метода генетического анализа — только начало процесса интерпретации. Полученные при NGS генетические варианты проходят через сложную биоинформатическую обработку, которая регламентирована определенными правилами Американского колледжа медицинской генетики и геномики (American College of Medical Genetics and Genomics — ACMG) [11]. Несмотря на это обработка результатов часто носит довольно субъективный характер и напрямую зависит от опыта конкретного спецалиста. Кроме того, иногда конкретная клиническая ситуация требует нестандартных подходов и решений. В биоинформатике используются базы доброкачественных и патогенных вариантов, которые постоянно изменяются и дополняются. Те варианты, которые сейчас считаются не вызывающими заболевания, через какое-то количество лет могут быть описаны как патогенные, и наоборот. Именно поэтому в международной практике принято периодически проводить пересмотр данных секвенирования в группах пациентов с эпилептическими энцефалопатиями с «отрицательными» результатами генетического обследования. Проблемой является то, что результаты панелей генов и полноэкзомного секвенирования не включают в себя данные микроматричного анализа, при том, что вариации числа копий ДНК могут существенно модифицировать клиническую картину [10]. Решением этого вопроса стало бы использование полногеномного секвенирования, позволяющего проводить поиск не только моногенной патологии, но и хромосомных перестроек любого размера [12].

Самой сложной является ситуация с мутациями, имеющими неизученное клиническое значение (не описанные до этого варианты с недостаточным количеством биологических критериев в пользу патогенности или доброкачественности). Часто в случае аутосомно-доминантного типа наследования достаточно доказать отсутствие такого варианта у здоровых биологических родителей пациента, чтобы признать его клиническую значимость как причину заболевания. Иногда даже подтверждения статуса de novo недостаточно для признания вариантов каузативным (т.е. приводящим к заболеванию), что обусловливает необходимость создания экспериментальной модели данного варианта и изучение его функционального значения. С точки зрения невролога, это процесс длительный, трудоемкий и очень дорогой. Наверное, решение такой задачи в области эпилептических энцефалопатий не должно быть уделом отдельных энтузиастов и могло бы быть более продуктивным при участии большой интернациональной команды исследователей.

Иногда возникает ситуация, когда после проведенного полногеномного секвенирования пациента и его родителей не было получено патогенного генетического варианта. Значит ли это, что у ребенка не может быть генетической природы ранней эпилептической энцефалопатии? До сих пор остаются технические и биологические ограничения методов генетической диагностики, до сих пор не открыты значение и связь с фенотипом для всех генов. Пересмотр данных через 1,5—два года является закономерным шагом в поиске и подтверждении генетической природы.

Одним из биологических нюансов, затрудняющих поиск генетической причины заболевания, является также соматический мозаицизм (под ним подразумевается наличие в тканях человека генетически различающихся клеток). При этом в лейкоцитах только 30—40% клеток могут содержать искомые мутации. В исследовании М. Tyburczy и соавт [13]. при туберозном склерозе у пациентов с отрицательным результатом секвенирования подчеркивались как высокая частота обнаружения мозаицизма (около 58%), так и низкий уровень найденных мутантных аллелей (менее 5%) у значительной части пациентов. Обычные варианты NGS могут не уловить низкоуровневый мозаицизм в лейкоцитах, и, следовательно, необходимо целенаправленное таргетное исследование с высоким уровнем покрытия гена. По данным T. Nakayama и соавт. [14], минимальная частота мозацизма мутаций генов SCN1A и PCDH19 при синдроме Драве при отрицательных результатах NGS составляет 0,9%. Иногда соматическая мутация может не обнаруживаться в лейкоцитах периферической крови, но может определяться в определенном количестве нейронов головного мозга (например, в некоторых клетках кортикальных дисплазий или при синдроме Штурге—Вебера). Таким образом, получить для исследования нейроны головного мозга представляется возможным только в тех ситуациях, когда ребенку проводится хирургическое вмешательство по поводу фармакорезистентной эпилепсии, например, удаление тубера при эпилепсии, ассоциированной с туберозным склерозом.

Родительский мозаицизм иногда затрудняет определение каузативности у впервые выявленного генетического варианта. Например, если одна нуклеотидная замена с неясным клиническим значением обнаружена у ребенка с эпилептической энцефалопатией и также у одного из здоровых родителей — возникает вопрос: почему здоровы родители, а ребенок болен? Ответ может заключаться в соматическом мозаицизме— у здоровых носителей нуклеотидная замена может отмечаться только в части клеток периферической крови, что недостаточно для развития клинических проявлений болезни [15]. Х. Xu и соавт. [16], обследуя родителей детей с синдромом Драве (исследовались кровь, слюна, моча, волосяные фолликулы, оральный эпителий и сперма), в 8,5% случаев выявили родительский мозаицизм по мутациям гена SCN1A, что могло изменить прогноз дальнейшего деторождения. Особую сложность профилактики заболевания в семье вносит возможность так называемого гонадного (или герминального) мозацизма, когда мутации появляются только в первичных половых клетках, что приводит к формированию множества мутантных гамет. То есть отсутствие мутации у родителей в клетках крови не гарантирует рождение второго ребенка без точно такого же заболевания.

Такая вероятность обусловливает целесообразность консультации генетика перед планированием беременности и проведения пренатальной диагностики. Вышеописанные сложности в трактовке полученных результатов демонстрирует следующее клиническое наблюдение.

Клиническое наблюдение

Мальчик 2 лет с фебрильно-ассоциированными приступами родился от здоровых родителей, имеет неотягощенный перинатальный анамнез и нормальное раннее моторное и психоречевое развитие. Первый типичный фебрильный приступ (билатеральный тонико-клонический приступ, длительностью до 10 мин) развился в возрасте 8 мес на фоне бронхита и субфебрильной температуры. Через месяц приступ повторился и был купирован введением реланиума. При видео-ЭЭГ-мониторине во время сна эпилептиформной активности не было выявлено. Была назначена противоэпилептическая терапия вальпроатами. Через месяц фебрильно-ассоциированный приступ повторился в виде фокального гемиклонического, длительностью до 15 мин, был купирован диазепамом. Последний приступ произошел у ребенка в возрасте 12 мес на фоне нерегулярного приема противоэпилептических препаратов. При улучшении приверженности родителей к терапии приступы прекратились.

Нейропсихологическое тестирование не проводилось, однако, со слов родителей, ребенок развивается без отклонений по возрастной норме.

В неврологическом статусе не было выявлено очаговой неврологической симптоматики или малых аномалий развития. Картина фебрильно-ассоциированных приступов (в том числе и гемиклонических) на фоне неотягощенного перинатального анамнеза и нормального развития ребенка наводит на мысль о возможной генетической природе заболевания. Методом выбора диагностики в данной ситуации должно было явиться секвенирование по панели «наследственные эпилепсии», при котором была выявлена ранее описанная гетерозиготная мутация в 7-м экзоне гена SCN1A (chr2:166905397C>A), приводящая к замене аминокислоты в 343 позиции белка (p.Gly343Cys, NM_006920.4). Мутация описана как возникшая de novo у пациента с синдромом Драве [17].

Мутация не зарегистрирована в контрольных выборках «1000 геномов», ESP6500 и ExAC. По совокупности сведений ее следует расценивать как вероятно патогенную. При стандартном подтверждении мутации с помощью секвенирования по Сэнгеру трио (пробанд и биологические родители) было обнаружено, что здоровый отец ребенка (без эпилепсии и фебрильных судорог в анамнезе) имеет мутацию гена SCN1A. Такая ситуация может возникать при неполной пенетрантности гена, однако при детальном изучении картин секвенирования и проведении дополнительной диагностики на другом биологическом материале (буккальный соскоб) был подтвержден соматический мозаицизм, что также обусловливает отсутствие клинических проявлений.

Полученная совокупность данных позволяет считать выявленный генетический вариант у ребенка причиной развития эпилептических приступов. Полученные данные повлияли не только на выбор лечения и прогнозы для пациента, но и на профилактику заболевания в семье, поскольку в случаях с соматическим мозаицизмом необходимо планирование деторождения с использованием пренатальной или преимплантационной генетической диагностики.

При отсутствии компетентной экспертной оценки генетических данных всегда существует опасность как недостаточной диагностики, так и гипердиагностики (например, при ошибочной трактовке вариантов как патогенных).

Проблема формулировки диагноза

В МКБ-10 отсутствует как раздел генетических эпилепсий, так и раздел генетических эпилептических энцефалопатий. Как правило, они шифруются как идиопатические генерализованные эпилепсии (G40.3), особые эпилептические синдромы (G40.5), или другие уточненные формы эпилепсии (G40.8). Такая классификация не дает четкого понимания генетической природы заболевания. Скорее всего, этот недостаток будет устранен в новой МКБ-11, использование которой Всемирная организация здравоохранения планирует начать в 2022 г.

В проекте МКБ-11 есть раздел «Генетические или предполагаемые генетические синдромы, прежде всего выраженные как эпилепсия (шифр 8А61) с двумя подразделами — «8А61.0. Генетические эпилептические синдромы с неонатальным началом» и «8A61.1. Генетические эпилептические синдромы с началом в младенчестве«. В последний подраздел входит и синдром Драве. Другой раздел проекта классификации «8А62. Эпилептические энцефалопатии», по всей видимости, не предусматривает включение генетических синдромов [18].

Прогноз течения генетической эпилептической энцефалопатии

При прогнозе дальнейшего течения генетической энцефалопатии и, как следствие, развития ребенка исследователи сталкиваются с вариабельностью клинических проявлений заболевания. Таким образом, прогноз не всегда очевиден. Например, существует «серая» зона, в которой скрываются неясные по прогнозу пограничные случаи синдрома Драве, генерализованной эпилепсии/фебрильных судорог плюс (GEFSplus) и просто фебрильных судорог плюс. Существуют, как известно, довольно нетяжелые варианты течения синдрома Драве (без явной задержки психоречевого развития) и случаи с регрессом развития при GEFSplus. Оба заболевания могут быть вызваны одними и теми же генетическим мутациями, что позволяет рассуждать о генетической эпилепсии как о спектре фенотипов [19, 20].

Фенотип той или иной генетической энцефалопатии может определяться как характером самой мутации, так и экспрессией гена. Можно привести следующий пример влияния конкретной мутации на фенотип болезни [21]: в 2017 г. у 9 детей был описан фенотип, отличающийся от классического синдрома Драве более ранним дебютом эпилепсии (6—12 нед жизни) и наличием выраженных гиперкинезов. Все дети были умственно отсталыми и не передвигались самостоятельно. У 8 из 9 детей имелась миссенс-мутация p. Thr226Met в гене SCN1A. Хорошо известен клинический полиморфизм мутаций в гене KCNQ2. Описано около 100 случаев доброкачественных семейных неонатальных приступов и около 100 случаев эпилептических энцефалопатий (с фенотипом синдрома Отахара, инфантильных спазмов и др.). Было выявлено, что мутация в одной аллели (нонсенс или со сдвигом рамки считывания) чаще всего приводит к доброкачественным семейным неонатальным приступам, а патогенные de novo миссенс-мутации KCNQ2 являются причиной KCNQ2-энцефалопатии, вызывая более серьезное нарушение функции калиевых каналов [21].

Существует множество других генетических и эпигенетических модификаторов течения эпилептических энцефалопатий. У пациентов и в экспериментальных моделях синдрома Драве описаны взаимодействия между мутациями в гене SCN1A и в других каналах [22]. Результаты исследований показывают, что сопутствующие мутации в генах SCN9A, KCNQ2 и SCL6A8 могут модифицировать течение болезни как уменьшая, так и увеличивая тяжесть ее течения. Например, дополнительная мутация c.1151—8C>T в гене SCL6A8 дает более тяжелую задержку речевого и интеллектуального развития, чем у других пациентов с синдромом Драве [23]. Гены-модификаторы необязательно должны быть генами каналопатий, для их поиска пациенты с генетическими эпилептическими энцефалопатиями должны проходить полногеномное секвенирование. Уточнения взаимодействия генов внутри генных сетей миссенс-мутации — одна из сложнейших задач генетики эпилепсии.

Из эпигенетических механизмов регуляции экспрессии генов особый интерес представляют два: метилирование ДНК и микро-РНК. Одну из самых важных ролей играет метилирование ДНК, которое заключается в присоединении метильной группы к цитозину в составе CpG-динуклеотида в позиции С5 цитозинового кольца. Различные паттерны ДНК-метилирования могут вносить свой вклад в разнообразие фенотипов, патогенеза и темпа прогрессирования при эпилепсии наряду с изменениями так называемых микро-РНК (малых некодирующих молекул РНК длиной 18 миссенс-мутации 25 нуклеотидов) [24]. Их уровень изменен при эпилепсии и меняется после эпилептических приступов. Микро-РНК являются регуляторами экспрессии генов (влияют на целые нейрональные сети), доказана их роль на всех стадиях эпилептогенеза, особенно при воспалении в эпилептогенезе [25, 26]. И на метилирование, и на уровень микро-РНК можно воздействовать, поэтому оба эти механизма являются потенциальными мишенями для разработки новых противоэпилептических препаратов [27].

Все вышеперечисленные факторы (как генетические, так и эпигенетические) существенно затрудняют определение прогноза у каждого конкретного пациента с генетической эпилептической энцефалопатией.

Таргетная терапия генетических эпилептических энцефалопатий

Несмотря на революционный сдвиг в изучении генетических эпилептических энцефалопатий, примеры их эффективной таргетной терапии единичны. К ним относятся: применение вигабатрина в терапии фокальных приступов и инфантильных спазмов при туберозном склерозе [28]; кетогенная диета при дефиците гена GLUT1 [29, 30]; лечение курабельных врожденных дефектов метаболизма (например, пиридоксинзависимая эпилепсия, дефицит биотинидазы) [31]; ферментозамещающая терапия при NCL2 [32]; эффективность мемантина у отдельных пациентов с GRIN2А-энцефалопатией [33]; хинидина у отдельных пациентов с KCNT1-энцефалопатией (при том, что двойное слепое исследование не подтвердило эффективность хинидина в группе KCNT1-аутосомно-доминатной ночной лобной эпилепсии, а у некоторых пациентов вызывались серьезные аритмии) [34]; применение стирипентола, канабидиола и фенфлюрамина при синдроме Драве [35]; использование леветирацетама при STXBP1-энцефалопатии (также эффективен у отдельных пациентов) [36].

Обращает на себя внимание то, что таргетная терапия (в том числе противосудорожные препараты) могут быть эффективны не у всех пациентов с мутацией в одном и том же гене. Наиболее вероятным (но, скорее всего, не единственным) объяснением этого факта является то, что конкретная мутация может вызывать как ослабление, так и усиление функции гена (например, функции натриевых или калиевых каналов). Представляется, что при таком неоднородном ответе на таргетную терапию в настоящее время исследователи довольно далеки от персонализированной терапии генетических эпилептических энцефалопатий.

Еще одна проблема в лечении генетических эпилептических энцефалопатий заключается в том, эпилепсия далеко не всегда является причиной задержки интеллектуального и двигательного развития ребенка. Генные мутации вызывают не только эпилепсию, но и определяют наличие задержек развития и черт аутизма. Именно поэтому, иногда добившись успеха в лечении этих малокурабельных эпилепсий, врачи, как правило, не получают драматических сдвигов в развитии ребенка. Это послужило поводом разделения Международной лигой по борьбе с эпилепсией группы «эпилептические энцефалопатии» на «энцефалопатии развития и эпилептические энцефалопатии» («developmental and epileptic encephalopathy»). Тем самым было подчеркнуто, что мутация сама по себе (а не только из-за «массивных» разрядов и приступов) приводит к интеллектуальной недостаточности и речевым нарушениям [1]. Такой подход более целесообразен именно для группы генетических эпилептических энцефалопатий, чем для негенетических случаев.

Несмотря на все трудности в диагностике и лечении генетических эпилептических энцефалопатий, именно в этом направлении можно ожидать каких-то новых прорывов. История генетических эпилепсий, стартовавшая когда-то с изучения синдрома Драве, в настоящий момент носит всеобъемлющий характер, постепенно приближая медицину к персонализированной эпилептологии.

Вывод

На основе вышеизложенных фактов авторами настоящего обзора были деланы следующие выводы:

1. Генетическая гетерогенность эпилептических энцефалопатий затрудняет использование таргетной диагностики, вынуждая пользоваться более всеобъемлющими методами: различными видами NGS и ХМА.

2. Генетические эпилептические энцефалопатии отличаются клиническим полиморфизмом, что затрудняет определение прогноза их течения.

3. Трактовка выявленных генетических вариантов — непростая задача, требующая тесного взаимодействия специалистов в области молекулярноой генетики, биоинформатики, невролога и клинического генетика.

4. Возможности таргетной терапии генетических эпилептических энцефалопатий пока ограничены, однако знание генетической причины эпилепсии позволяет сделать более осознанный выбор в подборе лечения.

5. Выявления генетической причины заболевания имеет высокую значимость для семьи, позволяя провести профилактику заболевания.

6. Несмотря на малочисленность примеров эффективной таргетной терапии генетических эпилептических энцефалопатий, будущее в этой области — дальнейшая разработка персонализированного лечения.

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

The authors declare no conflicts of interest.

Источник

Читайте также:  Чему равен угол между диагональю и стороной квадрата
Adblock
detector